建于明代西安的宝庆寺，因院址在关中，故名。名儒冯从吾削籍还乡后，讲学于宝庆寺，从学者甚众。万历三十七年（1609）布政使汪可孚、按察使李天麟等就在原址基础上扩建为关中书院。北宋张载讲学于关中一带，很有影响。从吾在此书院著书授徒，宣传张载所创的关学乃贯彻“躬行礼教为本”的宗旨，坚决排佛，注重实际的传统，四方求学者竟达千人，天启年间，因魏忠贤下诏禁毁天下书院而停办。清康熙二年（1663）再次重修，由李颙（二曲）主教席，李以“昌明关学为己任”，使理学还原为儒学。书院有“学规会约，约束礼仪，整肃身心，三月之内，一再举行，鼓荡摩厉，士习丕变”（《二曲集·历年纪略》）。自乾隆至同治年间，书院经过整顿，订有课程。光绪七年（1881），院内立志学斋，选高才生为上舍。后改为师范学堂。