辛亥革命时湖北、湖南、云南、上海等地成立军政府。首建于武昌，称湖北军政府，以都督为主官。分司令、军务、参谋、政事四部。既而又改军军令、参谋、军务、内政、外交、理财、交通、司法、编辑、教育、实业等部。其他地区军政府的组织大体相同。民国六年（1917）孙中山在广州建立中华民国军政府。设大元帅一人、元帅二人，分外交、内务、财政、陆军、海军、交通六部。大元帅为国家元首，兼行政首长，统辖各部。次年7月，改为总裁制。九年再建军政府。十年5月5日，孙中山就任非常大总统。军政府时期结束。十六年至十七年张作霖在北京亦组织军政府。见“北京军政府”。