明王廷相气本论命题。他坚持“气者，造化之本”（《慎言·道体》）。并认为“天地未生，只有元气，元气具，则造化人物之道理即此而生，故元气之上无物、无道、无理”（《雅述》上），驳斥了程朱“理为气本”、“理生气”的观点，对自宋以后那种“以理言太极”，“太极生二（阴阳）五（行）”的离气而言阴阳、五行生化的说法提出批评。指出五行“皆自元气变化出来”，“愚谓天地、水火、万物皆由元气而化，盖由元气本具有此种，故能化出天地、水火、万物”（《答何柏斋造化论》）“金石草木，水火土之化也，虽有精粗先后之殊，皆出自元气之种”（同上）。元气是万物由以产生的原始物质。而元气之中包含着所固有的种子“元气之种”，它是“化”生天地、水火、万物的基质。“有太虚之气，则有阴阳，有阴阳则万物之种一本皆具……而其种则本于元气之固有，非水火土所得而专也”（《慎言·道体》）。于此，王廷相向理学家提出恰中要害的诘问“若曰气根于理而生，不知理是何物？有何种子便能生气？”（《横渠理气辩》）认为理学家的“理生气”之说，不过是“谈虚驾空之论”（同上），因为他们“不知”脱离“元气”便不存在“理”，也“不知”元气固有化生万物的“气种”。王廷相作为当时具有较为广泛的自然科学知识的学者，初步考察到生物进化过程中相对稳定的遗传因素。他用“气种有定”说对此作了解释，他说：“阅千古不变者，气种有定也，人不肖其父，则肖其母；数世之后，必有与祖同其体貌者，气种之复其本也”（《横渠理气辩》）。以上论断，在中国古代科学发展史上是有一定科学价值的，但理论上的幼稚、素朴、历史的局限也很明显。